En 1668 se hizo organista suplente de la Johanniskirche, la iglesia principal de la ciudad, y en 1676 organista titular, mientras conservaba su puesto en la Lambertikirche. Logró reconocimiento rápidamente en Lüneburg, y su trabajo como compositor, maestro y consejero de órgano se extendió más allá de la propia ciudad. Michael Jacobi, el Kantor de la Johanniskirche desde 1651 a 1663, al parecer lo favoreció, y probablemente se lo presentó a Johann Rist, a dos de cuyos volúmenes de poemas puso música. Desde 1658 en adelante tocó el clavicordio en interpretaciones de música de la Pasión en la Johanniskirche. Cuando Jacobi murió en 1663, dedicó un motete fúnebre a su memoria.

Edición discográfica con dos obras de Christian Flor

Solicitó la posición de Jacobi como Kantor pero fue desestimado en favor de Friedrich Funcke, 16 años menor que él, quién se mostró ansioso por salvaguardar su estatus superior y limitó su esfera de actividad como organista. Cuando Flor adquirió la ciudadanía municipal en 1683, su situación financiera mejoró. Después de su muerte Georg Böhm lo sucedió como organista de la Johanniskirche. Sus dos hijos menores también se hicieron organistas en Lüneburg -Johann Georg (1679-1728) en la Lambertikirche y Gottfried Philipp (1682-1723) en la Michaeliskirche. 

El grueso de la producción de Flor consiste en canciones estróficas sacras. El talento artístico afectado de sus melodías en "Neues musikalisches Seelenparadies" de Rist, sin embargo, privó al poeta de su esperado éxito. Sus experimentos métricos y el uso de claves remotas no sirvieron a los ideales de la escuela de escritores de canciones de Hamburgo, y en una carta a Rist él admitió libremente que no había escrito sus composiciones para los hombres comunes sino para los músicos sabios.

Sus conciertos vocales supervivientes son en estilo de motete. Una obra más significativa es su "Pasión según San Mateo", que es una de las Pasiones oratorio más antiguas. Flor tomó el recitativo litúrgico todavía sin acompañamiento de la Pasión de Melchior Vulpius de 1613 y compuso nueva música para todos los movimientos polifónicos; la "Pasión según San Mateo" de Funcke, de origen posterior, corresponde estrechamente a esta obra.

Las suites para clavicordio de Flor y arreglos de danzas de óperas de Lully muestran que estaba familiarizado con los últimos adelantos musicales de Francia. Sus corales para clavicordio son una síntesis del estilo de clavicordio francés y la coral  alemana.